Am Anfang des zwölften Jahrhunderts verkam die Regierung der adeligen Familie Fujiwara völlig. Die Familie Fujiwara hatte geschickt seine politische Macht in die Tenno-Familie verankert. Dennoch hatte sich die Familie Fujiwara im Laufe der Jahrhunderte zunehmend vom Volk isoliert. Als Folge gewannen an ihrer Stelle zwei Samuraistämme Taira und Minamoto an militärischer, gesellschaftlicher und politischer Bedeutung. Der Roman „Die Geschichte von Taira “ beschreibt damit die erste Stunde der Geburt der Samurai-Gesellschaft.
Heita Kiyomori Taira errang mit seinem politischen Geschick unangefochtene militärische Macht in der zweiten Hälfte des zwölften Jahrhunderts und wurde schließlich zum Premierminister, was als Samurai ein bis dahin unvorstellbarer Aufstieg war. Der erste Teil dieses Romans beschreibt den Aufstieg der Familie Taira mit dessen Oberhaupt Kiyomori Taira. Er überlebte zwei schwere Bürgerkriege in der Heian-Periode, den Hogen- und Heiji-Krieg. Er und die Familie Taira gingen aus den beiden brutalen Kriegen gestärkt hervor. Die Familie Taira vernichtete im Heiji-Krieg den Boden der Existenz von ihrem Erzrivalen Minamoto. Doch ahmte Kiyomori das politische System der Familie Fujiwara nach. Seine Tochter heiratete den Tenno und ihr Sohn wurde zum Tenno, Nachfolge des Auslaufmodells Fujiwara. Taira wurde am Ende von dem wieder erstarkten Minamoto zerstört.
Dennoch hatte Kiyomori Taira in seiner Blütezeit bahnbrechende Ideen. Er verbesserte die Seefahrt zwischen China und Japan auf und baute den Hafen Fukuhara (heute Kobe). Der wunderschöne Schrein Itsukushimajinja mit dem Tor im Wasser ging auf seine Initiative zurück.
Die echte Revolution kam von der Familie Minamoto. Der Kriegerstamm Minamoto musste zuvor Jahrzehnte lange Unterdrückung unter der Herrschaft von Taira durchstehen. Minamotos Stärke lag darin, dass sie immer Samurai blieb. Yoritomo, der im Heiji-Krieg als kleiner Junge von der Familie Taira gefangen genommen wurde, wurde vom Todesurteil begnadigt und verbrachte zwanzig Jahre im Exil. Sein Vater Yoshitomo hatte den Heiji-Krieg gegen Kiyomori verloren, wurde von seinem eigenen Anhänger verraten und musste sterben. Yoritomo übte in seinem völlig isolierten jungen Leben Frömmigkeit und Zurückhaltung. Nach außen hin, insbesondere gegenüber der Familie Taira, vermied er jeglichen Eindruck zu wecken, er verfolge einen politischen Ehrgeiz, sich gegen Taira zu erheben.
Doch während der langen Jahrzehnte der Unterdrückung durch Taira sammelten Minamotos Abtrünnige duldsam Kräfte im Untergrund. Ein Greis Yorimasa Minamoto sah früh ein, dass sein Stamm gegen die herrschende Familie Taira keine Chance hatte, und verdingte sich als Kiyomoris loyaler Mitarbeiter. In der Zeit sparte er alle erdenklichen Materialien für den Aufstand seines Stammes gegen Tairas. Er und seine Familie lebten in bitterster Armut und ernteten Spott von Taira. Doch am Ende seines Lebens als über siebzigjähriger erhob er sich gegen Taira, erhielt die geheime Befehlsschrift des Prinzen Mochihito und zündete damit den Aufstand der Familie Minamoto gegen Taira.
Yoritomo folgte dem Aufruf des Aufstandes vom Prinzen Mochihito und Yorimasa Minamoto. Er hatte in seinem Exilleben Masako Hojo kennengelernt und verführt. Mit ihr stand ihr Vater Tokimasa Hojo als Yoritomos Schwiegervater für Minamotos zur Seite. Yoritomo gewann langsam seine militärische Macht im Osten Japans und gründete die Samurairegierung in Kamakura. In seinem politischen Ziel hatten der Tenno und der Adel gar keinen Platz. Yoritomo strebte die neue Epoche von Samurai an.
Yoritomos Cousin Yoshinaka Kiso, ein ehrgeiziger Samurai, befolgte den Aufruf des Prinzen Mochihito und eroberte gleichzeitig das mittlere Japan und zog in das politische Zentrum Kyoto ein. Yoshinaka war militärisch stark, aber fiel den politischen Intrigen des ehemaligen Tennos Goshirakawa zum Opfer. Der neue Anführer der Minamoto-Stämme Yoritomo duldete keinen zweiten starken Mann und vernichtete Yoshinaka.
Yoritomos Halbbruder Yoshitsune, der genauso wie Yoritomo seine extrem bittere Jugend ohne Familie in der Fremde verbrachte, möchte mit seinem Bruder Yoritomo das gemeinsame Ziel erreichen, ihren Erzfeind Taira zu vernichten. Yoritomos Feldzug gegen Taira ging schwierig und mühsam. Erst als Yoshitsune Minamotos Armee anführte, gewann Minamoto immer wieder die Schlachten gegen Taira. Yoshitsune war ein genialer Kriegsherr. Mit seinem jungen Alter bewies er überragende strategische Fähigkeit und bezwang Taira in der Schlacht von Dannoura endgültig. Yoritomo war sehr froh darüber, aber Yoritomo bekam Angst, dass Yoshitsune zu stark für ihn werden könnte. Yoritomos Stammesangehöriger verleumdete Yoshitsune aus Neid. Yoshitsune, ein tragischer Held der Geschichte, musste am Ende im Norden von Yoritomos langer Hand ermordet werden.
Yoritomo, der erste Shogun, selbst starb einige Jahre später an Folge seiner Verletzung. Sein Sohn, der zweite Shogun, wurde ermordet. Der dritte und letzte Shogun ebenso. Am Ende übernahm der Stamm Hojo die Samurai-Regierung.
Der ewige Kreis der Veränderungen bleibt nicht stehen. Nichts bleibt erhalten. Der Sieg ist der Beginn der Niederlage. Nach dem Aufstieg kommt der Untergang. Man beweint die Helden, die doch am Ende untergehen. Man hat Mitgefühl für die Vergängliche aller Veränderlichen.
Eiji Yoshikawa, selbst am Boden seiner Enttäuschung nach dem Zweiten Weltkrieg, will den Japanern sagen, nie wieder Krieg. In dem Roman geht Yoshitsune seinen Weg zum Frieden. Er verzichtet auf den Kampf gegen seinen Bruder Yoritomo und ertrug die Erniedrigung der Ehre als Samurai. Yoshitsune war überzeugt, dass sein Weg zu Frieden richtig war. Eiji Yoshikawa schuf für seine Friedenswüsche einen imaginären Menschen im Roman, sein Abbild. Der sympathische Arzt Asatori Abe verzichtete auf jegliche Gewalt und Macht. Er lebte nach einem anderen Wertmaßstab als die in dem Roman, half den Kranken und den Verletzten und nur er überlebte die Kriege.